本校前身為「馬祖初級中學」，創立於民國46年，設址於南竿鄉介壽村，即今介壽國民中小學現址，每年僅招收一班學生，時為馬祖地區最高學府，培育了無數地區人才，掀起了「塑造馬祖文化」的時代使命。迨民國57年以響應先總統　蔣公實施九年國民義務教育，為因應四鄉五島普設國中學生增加之需求。乃於民國57年升格改制為「福建省立馬祖高級中學」，並附設國中部，使馬祖地區的教育更上層樓。民國65年為配合地區實施「精校」政策，奉令將國中部撥交介壽國民中小學，本校專辦高中，並遷校於原「介壽中心國民小學」現址(介壽村濱海處)，使地區中等教育制度更臻完備。

民國71年為培育馬祖漁農經建人才，首創附設職業實驗班(撈魚、養殖兩科)。民國73年改隸「國立馬祖高級中學」，為馬祖地區教育史上填入重要的一頁。自民國89年起轉型為綜合高中，目前有6個學程。

本校綜合高中學程規劃為12班，於89學年度始開始招收高一至高三學生，每學年招收4班，招生方式依據教育部103學年度免試入學方案，招生範圍為桃聯區；其中包含介壽、中正、中山、敬恆及東引國中應屆優秀畢業學生，及連江區暨桃園區各校優秀畢業學生就讀。

「適性教育」夙為本校所堅持之教育理念，本校成立高中部後之課程設計除繼續實施通識教育，奠定學生研究高深學術及學習專門知能之基礎外，鑒於一般高中學生志趣、性向仍未確定，本校另開設有符合社會脈動之職業學程，如：「資訊應用學程」、「商業服務學程」、「水產養殖學程」及「漁業科學程」，尊重學生個別差異，提供彈性選課之機會、發展學生自我潛能、開創其個人美好未來，為國家社會栽培各行業人才。

改制綜合高中後，本校在校長的領導及全體師生之努力之下，依據教育部頒「綜合高級中學實施要點」，課程設計型態融合了綜合高中多元、彈性、適性人性的教育理念，已為社區學子創造了許多就學機會，期能提昇離島教育品質、充實學生基本能力，達成服膺世界潮流，建立後期中等教育學制多元化之目標。